全傑科技 - Canoco

  Canoco 產品介紹

Canoco 是一款專門用於典範多變量分析 (Canonical Multivariate Analysis) 的專業統計軟體，尤其在生態學 (Ecology) 領域具有極高的權威性。它的核心價值在於分析生物群落數據（例如物種組成）與環境因子（例如溫度、pH 值）之間的關係，並將結果視覺化。

1. 主要功能與詳細介紹

Canoco 的功能集中在排序分析 (Ordination) 及其與環境變量的關聯：

2. 可以做哪些應用及研究

Canoco 是群落生態學、環境科學和生物多樣性研究的標準分析工具：

3. 主要的市場有哪些

Canoco 的市場是極度專業和學術導向的：

• 生態學、環境科學、植物學和動物學系所： 核心客戶。

• 政府環境監測和研究機構： 例如國家生態研究中心、林業研究所、海洋漁業研究中心。

• 環境顧問公司： 進行生態影響評估 (EIA) 和生物多樣性調查的公司。

• 生物統計學家： 專注於高維生物數據分析的統計學家。

4. 有那些知名的客戶

Canoco 在生態學界享有盛譽，客戶涵蓋：

• 全球頂尖大學的生態學、環境科學和生物學研究團隊。

• 國際知名的學術期刊作者： 許多生態學論文都要求或建議使用 Canoco 的方法。

• 國家級的環境和生物多樣性研究機構（例如：美國地質調查局 (USGS) 的部分部門、歐洲的環境中心）。

5. 軟體的好處是什麼？

Canoco 的優勢在於方法論的權威性和分析的深度：

1. 專門化和權威性： Canoco 的典範分析方法（CCA/RDA）是生態學研究公認的標準。使用 Canoco 進行分析能確保結果在學術界獲得高度認可。

2. 數據類型優化： 軟體的算法針對物種豐度數據（通常為計數數據，具有大量零值）進行了優化，能比通用統計軟體更有效地處理此類複雜數據。

3. 變異分解功能： 變異分解功能是其獨特優勢，能清晰量化多組環境因子對群落變異的解釋比例，提供深入的生態學見解。

4. 專業級視覺化： 雙標圖和三標圖的輸出，能幫助研究人員有效地將複雜的多變量關係傳達給讀者。

6. 請問這個公司還有哪些產品

Microcomputer Power 公司（或與其合作的 Canoco Development 團隊）的產品線非常專注。其核心產品系列是：

• Canoco (核心軟體)： 專注於典範多變量排序分析。

• Canodraw for Windows： 這是 Canoco 的輔助軟體，專門用於客製化和美化 Canoco 輸出的雙標圖和三標圖，以達到學術出版的最高要求。

總結： 該公司是典範排序分析領域的專家，產品圍繞著 Canoco 和其圖形客製化工具展開。

7. 請問向原廠購買的好處是什麼？

向原廠購買 Canoco 的主要好處是：

1. 方法論的直接支持： 獲得由開發典範分析方法的統計專家或與其緊密合作的團隊提供的技術支援，確保分析方法和參數設定的正確性。

2. 軟體兼容性與更新： 確保獲得與最新作業系統相容的版本，以及典範分析算法的最新修正和增強。

3. 特定領域的培訓資源： 原廠通常提供專門針對 CCA/RDA 應用和解釋的教學和培訓材料。

8. 請問原廠如何幫助客戶（台灣的高科技公司）

Canoco 的核心能力是分析複雜的多變量關係和降維。原廠可以利用這些核心能力幫助台灣的高科技公司：

• 複雜製程參數分析： 協助高科技公司分析數百個製程參數（類比環境變量）對多個產品品質指標（類比物種組成）的影響。使用 RDA 來找出哪些製程參數是線性影響良率的關鍵因素。

• 設備性能/故障分析： 將各種感測器數據（溫度、壓力、震動等）作為環境變量，將設備的多個性能指標或故障類型作為物種群落。使用 CCA/RDA 找出導致不同性能/故障模式的潛在環境因素。

• 數據降維與解釋： 培訓工程師如何使用 典範分析 將複雜的高維數據（例如多晶圓測試結果）降維到 2D 空間，並將其與工程變量結合，以視覺化方式解釋變異的驅動因素。

 有哪些與本產品搭配應用的產品

Canoco 負責分析，因此需要數據準備、預處理和結果呈現工具的搭配：

11. 類似產品有哪些 

Canoco  主要是能夠執行 典範分析 (Canonical Analysis) 的專業統計軟體和開源函式庫：

Canoco is a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial] [detrended] [canonical] correspondence analysis, principal components analysis and redundancy analysis

Handouts for a presentation (pdf) 

Canoco是生態學領域和幾個相關領域使用排序方法進行多變數統計分析的最流行的程式之一。最近Canoco版本（4.0、4.5和5.0）的使用者指南在過去22年中被引用了11900多次（1999-2021，ISI知識網）。

Canoco 5是 Canoco 軟體的最新、大量重新設計版本，於 2012 年 10 月發布。本網站為您提供了有效使用該軟體的其他資源，以及Canoco 5新功能的簡要概述。使用此頁面右側的功能表訪問這些資源.

Canoco 5概述
Canoco 5計劃的主要功能總結為以下幾點。

分析和繪圖功能與易於使用的電子表格數據編輯器集成在一個程式中。現在，在一組數據表上完成的所有分析都收集在Canoco 5專案中，共用分析和圖形設置。

Canoco 為 Windows 4.5 提供的所有統計方法都可用，例如 DCA、CA、CCA、DCCA、PCA 和 RDA 方法 - 包括它們的部分變體，以及用於約束排序方法的 Monte Carlo 置換測試，為即將到來的數據提供適當的置換設置 來自非平凡的抽樣設計。有關新可用的方法，請參見下文。

CanoDraw 4.x 提供的所有可視化工具都可用（包括用於在排序空間中可視化數據屬性的 loess、GLM 和 GAM 模型），其中許多都得到了改進。

數據可以在程式本身中輸入，也可以從Excel（.XLS或.XLSX 格式）或來自 Canoco 4.x 資料檔。標籤不再需要縮短為8個字元，但這些簡短的表格仍然可以在排序圖中顯示，甚至可以從長表格自動生成。現在使用因數的標準編碼（類別預測變數），虛擬 （0/1） 變數在內部生成。編輯器允許從虛擬變數轉換為因數，如果需要，則相反。

現在可以輕鬆訪問主坐標分析 (PCoA) 和基於距離的 RDA (db-RDA)，並添加了新的距離度量（總共 11 種距離類型，包括 Bray-Curtis、Gower 距離或 Jaccard 係數）。 同樣，也支持非度量多維縮放（nMDS）。

對於兩組或三組預測變量，包括基於部分或非部分分析並使用原始或調整後的變異估計來計算解釋變異的各個部分，變異劃分很容易獲得。

鄰域矩陣的主坐標 (PCNM) 方法可在變分劃分框架內使用。 目前的實現與 Legendre & Legendre (2012) 中描述的建議相匹配，採用替代方法名稱 (dbMEM)。

主響應曲線 (PRC) 的計算、測試和繪圖現在是一項簡單的任務。

可以使用協同對應分析（CoCA，對稱形式），包括對兩種比較社區類型之間的協變進行蒙地卡羅置換測試。

預測變量的逐步選擇在視覺上得到了增強，現在為防止 I 類錯誤膨脹提供了支持（對所有預測變量進行初步測試並通過以下三種方法之一調整 p 值：錯誤發現率 (FDR) 估計、Holm 校正和 Bonferroni 更正。

可以對所有受約束的軸進行直接測試，以及將兩個排序的結果與 Procrustes 分析進行比較。

您可以輕鬆處理物種功能特徵或導入物種系統發育相關性數據，以及計算和使用功能多樣性。

可視化功能通過諸如半透明填充顏色、在排序圖中顯示變量箭頭的校準軸或繪製封閉橢圓以替代封閉多邊形等功能得到增強。 JPEG、TIFF 和 PDF 文件格式的其他導出類型已添加到現有格式（PNG、BMP、EMF、Adobe Illustrator）中。

您工作的每一步都由上下文相關的幫助系統和 Canoco Adviser 提供支持——這是一個專家系統，可幫助您為研究問題選擇合適的分析方法、正確的排序模型類型（線性與單峰）、數據 轉換，或對結果進行適當的可視化。 它甚至會建議您如何解釋您在 Graph Wizard 的幫助下創建的排序圖。

高級用戶可以在一次分析中結合多種方法，包括廣義線性模型來關聯分數等。

Canoco 5 是否在 Windows 8/10/11 和其他 Windows 平台上運行？

Canoco 在配備 Windows 8、8.1、10 的 32 位和 64 位版本以及 Windows 11（此平台沒有 32 位版本）的桌上型電腦和筆記本電腦上運行良好。

Canoco 5 也適用於一些早期的 Microsoft 操作系統，從安裝了 SP（服務包）2 或 SP3 的 Microsoft Windows XP 開始。 這還包括 Windows Vista 和 Windows 7。

Canoco簡介中文

Canoco簡介英文

Canoco是一個Fortran程式,用於典型相關分析,主成分分析,一致性分析,重複冗餘分析, 去趨勢化分析,實際應用於生物聚落植物與動物聚落之間的關聯.

The analysis procedure is following分析過程如下

1.Prepare data準備資料

2. Data Collection資料採集

3. Regression回歸

4. Calibration校準

5. Ordination協調

6. Cluster Analysis聚類分析

7. Spatial aspects of ecological data生態數據空間方面

8. Numerical methods數值方法

There are five major module: 有五個主要的模組：

1.DECORANA

is a FORTRAN program for detrended correspondence analysis. reciprocal averaging , multidimensional scaling, and principal components analysis,

是去趨勢化相關分析的FORTRAN程式。互擾平均分析，多維尺度，主成分分析，

2.TWINSPAN is a FORTRAN program for two-way indicator species analysis.

TWINSPAN是一個雙因子指標物種分析 FORTRAN程式。

3.COMPCLUS is a program for rapid initial clustering of large data sets.

COMPCLUS是一個大型資料的快速初始聚類程式。

4.ORDIFLEX is a flexible program for four ordination techniques:

是四個靈活的座標協調轉換技巧程式：

* weighted averages (WA) *加權平均數

* polar (Bray-Curtis) ordination (PO) *極座標（布賴柯蒂斯）協調轉換

* principal components analysis (PCA) 主成分分析

l      reciprocal averaging (RA) 互擾平均分析

5.COMPOSE is a data management program which checks errors,

是一個資料管理程式,可以檢查錯誤的資料

展示檔案1

展示檔案2

教學影片

Canoco 5 具有高度的整合性 

 Monte Carlo 模擬

 高等圖形展示

可 用 EXCEL 輸入 

Canoco 5 supports distance-based methods (PCoA, dbRDA, NMDS)

Canoco 5 offers great variation partitioning templates

Canoco 5 implements PCNM method with variation partitioning

Canoco 5 sets up quickly Principal Response Curves analysis for your data

Canoco 5 supports symmetric co-correspondence analysis

Canoco 5 offers advanced selection of explanatory variables

Canoco 5 makes testing individual ordination axes easy

Canoco 5 supports work with functional traits and phylogenetic relatedness of community taxa